La Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, para el cumplimiento de sus fines, está organizada en seis Escuelas: Química Farmacéutica, Química Biológica, Química, Biología, Nutrición y Postgrado. Cada una está conformada por departamentos. Las actividades de extensión están bajo la responsabilidad del Programa de Experiencias Docentes con la Comunidad -EDC-. Las actividades de investigación se realizan por medio del Instituto de Investigaciones Químicas y Biológicas –IIQB-. El Centro de Estudios Conservacionistas -CECON- tiene dentro de sus atribuciones, realizar investigación. Las actividades relacionadas evaluación, desarrollo educativo, coordinación y control académico son responsabilidad del Centro de Desarrollo Educativo, CEDE.
El Programa General de Experiencias Docentes con la Comunidad -EDC- de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, lo constituyen las actividades de docencia, investigación y servicio que realizan los estudiantes de las carreras de Químico, Biólogo, Químico Farmacéutico, Químico Biólogo y Nutricionista, bajo la supervisión de sus respectivos supervisores. Estas actividades se caracterizan por realizarse en el medio real del país, en contacto directo con los problemas inherentes al ejercicio de las respectivas profesiones, iniciándose en los primeros niveles de las respectivas carreras y concluyendo al final de las mismas con el Ejercicio Profesional Supervisado -EPS-.